不限物种,适用性最广
单细胞表达谱 (GEM-X Single Cell 3'v4) 解决方案:
检测基因数: 检测基因数大幅提升,可达到上一代产品 (3'v 3.1)的2倍
仪器运行时间:6分钟
粒细胞的检测:因其运行时间缩短且检测基因的灵敏度提高,大幅提高了中性粒细胞的检测效果
捕获细胞数:每个通道可以达到2万,每张芯片最多运行8个样本,每张芯片6分钟可以检测16万个细胞
细胞捕获效率:最多80%的捕获效率
多胞率:每1000个细胞0.4%
多组学分析:可同时检测表达谱和细胞表面蛋白
兼容样本类型:细胞系、悬浮细胞、组织解离细胞、血液、细胞核等
兼容物种:各种真核生物的mRNA的检测(鸟类、哺乳类、植物、真菌等)
分析内容: 根据细胞表达谱对细胞群体进行聚类分析、 识别和区分不同的细胞类型、定义新的细胞类型和细胞状态
相比较Next GEM SC3 v3.1,GEM-X SC3'v4检测基因灵敏度显著提高

案例分享
下图为人的PBMC样本,使用GEM-X Single Cell 3'v4试剂检测,目标捕获10000个细胞,在测序饱和度为39.85%时的检测结果。检测的细胞数为10362,基因中位数为3322。t-SNE图展示了细胞内UMI的分布和细胞聚类。
数据链接:
https://www.10xgenomics.com/datsets/10k-human-pbmcs-stainsd-with-totalseq-B-human-TBNK-cocktail-GEM-X
单细胞免疫组(GEM-X Single Cell5'v3)解决方案:
检测基因数:检测基因数大幅提升,可达到上一代产品(5'V2)的2倍
仪器运行时间:6分钟
捕获细胞数:每个通道可以达到2万,每张芯片最多运行8个样本,每张芯片6分钟可以检测16万个细胞
细胞捕获效率:最多80%的捕获效率
多胞率:每1000个细胞0.4%
多组学分析:可同时检测表达谱、VDJ、细胞表面蛋白、sgRNA或抗原特异性的淋巴细胞
兼容样本类型:细胞系、悬浮细胞、组织解离细胞、血液、细胞核等
兼容物种:表达谱分析时兼容各种真核生物的mRNA的检测(鸟类、哺乳类、植物、真菌等),VDJ分析时兼容人和小鼠两个物种,其他物种可以设计特异性引物进行检测。
分析内容:根据细胞表达谱对细胞群体进行聚类分析、识别和区分不同的细胞类型、定义新的细胞类型和细胞状态。对单个T细胞内的TCR的α和β链匹配,对单个B细胞内的BCR的重链和轻链匹配,对不同的克隆型进行比对分析。
相比较Next GEM SC5'v2,GEM-X SC5'v3检测基达灵敏度显著提高

案例分享
图一为人的PBMC样本,使用GEM-X Single Cell5'V3试剂检测,目标捕获10000个细胞,在测序饱和度为59.73%时的检测结果。检测的细胞数为9761,基因中位数为3598。t-SNE图展示了细胞内UMI的分布和细胞聚类。
图二左展示的为TCR检测结果及部分占比靠前的克隆型CDR3信息。图二右展示的为BCR检测结果及部分占比靠前的克隆型CDR3信息。
数据链接:
https://www.10xgenomics.com/datasets/10k-human-pbmcs-stained-with-totalseq-C-human-TBNK-cocktail-GEM-X