Visium CytAssist空间多组学组织分析物转移系统

为什么选择Visium CytAssist仪器？

- 通过Visium CytAssist仪器的精确转录本定位，确保空间保真度高

- 利用标准的组织学工作流程，直接在玻片上对组织进行切片、染色和成像

- 对组织切片进行预筛选和定位，将最希望研究的组织区域对准Visium玻片的捕获区

仪器主要用途

全新的Visium CytAssist是一款小巧的台式仪器，CytAssist仪器能够将转录组分析物和标记抗体种类的寡核苷酸标签从组织载玻片转移到Visium玻片上，借助Visium玻片上标有位置信息的引物，可以实现组织空间转录组和空间蛋白组的同时检测。CytAssist仪器与苏木精-伊红（H&E）染色或免疫荧光（IF）染色的组织切片兼容，让预先以切片形式保存的组织也能用于Visium工作流程。您可以通过标准的组织学技术筛选组织切片，找到有生物学意义的切片，然后用CytAssist将这些切片与Visium玻片的捕获区域精确对齐，从而最大限度发挥Visium实验的作用。

Visium CytAssist空间转录组原理概述(探针法)

将冰冻样本或石蜡样本进行切片并贴到普通玻片上，组织染色(图A),拍照(图B),基于组织的染色照片选取感兴趣的区域，在普通玻片上对感兴趣的区域进行探针杂交和连接(图D),杂交和连接在10x提供的PCR仪Adapter(图H)上进行，将检测目标从高度降解的RNA变成带有PolyA的的单链DNA探针。探针为成对设计(可增加探针杂交的特异性),分人(约18,000个基因)和小鼠(约19,000个基因)两个物种。将完成探针连接的组织玻片比对到Visium CytAssist仪器的上方(图C),借助组织比对卡(图E)可大幅提高组织比对的精准度，将10x的Visium玻片放到仪器的下方(图C)。在Visium玻片上加入酶，盖上仪器(图F、图D),酶会分散在组织玻片和Visium玻片之间，仪器37℃加热30min,组织上的探针会落到Visium玻片上，同时CytAssist仪器会拍一张(伊红染色)照片(图G)。探针带的PolyA与Visium玻片上的Poly(dT)VN结合(图D),然后将Visium玻片转移到PCR仪上进行探针的延伸和后续文库的构建。图J为最终文库的结构。数据分析时需要将显微镜照片(图B)和CytAssist仪器照片(图G)比对到一起进行分析。

Visium HD玻片结构介绍

如图I所示，一张Visium玻片上有2个基因捕获区域，每个捕获区域大小为6.5x6.5mm，每个区域内有约~11，000，000个小方格，每个小方格的大小为2x2μm，小方格在6.5x6.5mm区域内100%覆盖，每个小方格中有大量带有Barcode信息的Oligo，Oligo上包含Read1（测序引物）、UMI、Barcode(UMI+Spatial Barcode=43 bases)、和Poly(dT)VN。
Spatial Barcode：每个小方格的Barcode只有一种，相当于用~11,000,000种不同的Barcode在6.5x6.5mm的区域中标记上坐标。
UMI：同一小方格中的所有Oligo上UMI的序列都不同。同一小方格中获得的第一链扩增产物上的UM都是唯一的，后续再进行表达量分析时，只统计特定基因起始UMI种类，即可相对准确的计算出不同基因的表达量。
Poly(dT)VN：可以与带有PolyA的单链DNA探针结合，PCR扩增后探针上会标记有Barcode信息和UMI信息。

CytAssist仪器的技术优势和亮点

1. 样本兼容性高：FFPE样本、冰冻样本(不限样本)或存档玻片。
2. 样本的质量要求相对较低：FFPE样本的DV200要求大于30%(大于200bp的RNA占比超过30%),冰冻样本的RIN值大于4即可，便于样本储存和运输。HD 3'RIN值大于7。
3. 捕获面积大：兼容6.5×6.5mm和11×11mm样本。
4. 基因检出率高：使用10x Genomics全新设计的捕获探针，除少部分高表达基因外，90%以上基因设计了3个探针对，这使得基因检出率及特异性更高。
5. 可同时进行RNA和蛋白检测：提供商业化的35种蛋白组合试剂盒，可以对同一FFPE样本进行转录组和蛋白质的同时分析，实现了多组学分析。

6. 简化样本处理流程：无需在Visium玻片上直接贴片或进行复杂的切片贴片及粘附性测试实验，无需做TO等实验摸索条件，简化操作步骤，节省时间和人力成本。
7. 自动转移：将转录组探针从标准载玻片自动转移到Visium玻片的捕获区域，最大限度地减少了定位错误。
8. 实验效率高：CytAssist仪器的运行时间小于1个小时，短时间内可以实现多批次样本的处理。
9. 小巧便捷：仪器体积小巧，便于放置和操作，对实验环境的要求相对较低，方便在不同的实验室或研究场所之间移动和使用。